Здание Дома учёных в Томске представляет собой бывшую резиденцию Томского губернатора. Расположен он на улице Советской 45. Решение построить резиденцию было принято в 1887 году, в прежние времена губернаторы снимали себе жильё у томских домовладельцев. Строительство затянулось и было спешно закончено после того, как весной 1891 года томские власти получили известие, что через Томск проедет, возвращаясь из кругосветного путешествия, наследник престола — цесаревич Николай Романов. На случай, если цесаревич захочет показаться народу, со стороны Новособорной площади к зданию был пристроен балкон с крышей-зонтиком (впоследствии перестроенный в крыльцо). Цесаревич посетил Томск в июле 1891 года, прожил в доме губернатора два дня (5-6 июля) и с балкона дома приветствовал собравшихся горожан вечером 5 июля.
После 1917 года резиденция губернатора стала именоваться Домом свободы. В 1920-е годы в нём размещались различные органы Советской власти: президиум Томского губисполкома, президиум окружного исполнительного комитета.
В 1927 году в здании учредили Дом учёных как центр культуры и досуга научной и творческой интеллигенции. Томский Дом учёных стал первым в Сибири. В Доме удалось сохранить внутренние интерьеры здания, сохранена отреставрированная мебель конца XIX — начала XX веков.